La historia de la Universidad de Porto se remonta al siglo XVII con la creación del colegio de los huérfanos en Porto en el campo del Olival, actual jardín de la cordoaria. Con la muerte de su primer rector la administración pasa al senado de la ciudad.
En el siglo siguiente en el colegio se instala la clase náutica y posteriormente también clases de dibujo y debux que vendrían a ser el principio de la facultad de Ingeniería y Bellas Artes de Porto, respectivamente. A la vuelta del siglo existe la voluntad de crear un nuevo edificio para albergar los nuevos cursos con disciplinas como matemáticas, filosofía, agricultura entre otras. El nuevo edificio donde se vendría a seducir la facultad de ciencias, tardó varios años en estar concluido, quedando listo sólo en 1930. Al año siguiente se crearon los museos de zoología, el de arqueología y prehistoria, el del instituto de antropología y el de las ciencias geológicas.
El edificio, más tarde, pasa a ser la rectoría de la universidad de Porto albergando los servicios administrativos. En 2014 se aprueba el financiamiento para la creación del museo universitario de historia natural que reúne hoy todo el botín de los anteriores museos.