A história da Universidade do Porto remonta ao século XVII com a criação do colégio dos órfãos no Porto no campo do Olival, actual jardim da cordoaria. Com a morte do seu primeiro reitor a administração passa para o senado da cidade.
No século seguinte no colégio instala-se a aula náutica e posteriormente também aulas de desenho e debuxo que viriam a ser o princípio da faculdade de Engenharia e Belas-artes do Porto, respetivamente. No virar do século existe a vontade de criar um novo edifício para albergar os novos cursos com disciplinas como matemática, filosofia, agricultura entre outras. O novo edifício onde se viria a sediar a faculdade de ciências, demorou vários anos a estar concluído, ficando pronto apenas em 1930. No ano seguinte criaram-se os museus de zoologia, o de arqueologia e pré-história, o do instituto de antropologia e o de ciências geológicas.
O edifício, mais tarde, passa a ser a reitoria da universidade do Porto albergando os serviços administrativos. Em 2014 é aprovado o financiamento para a criação do museu universitário de história Natural que reúne hoje todo o espólio dos anteriores museus.