L'histoire de l'Université de Porto remonte au XVIIe siècle, avec la création du Collège des orphelins Port Oliveraie dans le domaine, le jardin actuel des cordes. À la mort de son premier recteur, l'administration passe au sénat de la ville.
Au siècle suivant, l'école installe l'école nautique et plus tard dessin aussi des cours et un dessin qui serait le début de la Faculté de génie et des Beaux-Arts de Porto, respectivement. Au tournant du siècle, il y a un désir de créer un nouveau bâtiment pour abriter les nouveaux cours avec des sujets tels que les mathématiques, la philosophie, l'agriculture et d'autres. Le nouveau bâtiment dans lequel la faculté des sciences devait être créée a pris plusieurs années avant d'être achevé en 1930. L'année suivante, les musées de zoologie, d'archéologie et de préhistoire, l'institut d'anthropologie et sciences géologiques.
Le bâtiment devient plus tard le presbytère de l'Université de Porto, qui abrite les services administratifs. En 2014, un financement est approuvé pour la création du musée universitaire d'histoire naturelle, qui regroupe aujourd'hui l'ensemble du patrimoine des musées précédents.